Glossar / Filialapotheke
Filialapotheke
Eine Filialapotheke ist eine weitere öffentliche Apotheke, die ein Apotheker neben seiner selbst geführten Hauptapotheke betreibt. Nach § 1 Abs. 2 ApoG sind bis zu drei Filialen erlaubt, die in räumlicher Nähe zur Hauptapotheke liegen müssen.
Was ist eine Filialapotheke?
Das Apothekengesetz erlaubt Dir, neben Deiner Hauptapotheke bis zu drei Filialapotheken zu betreiben (§ 1 Abs. 2 ApoG). Du brauchst dafür eine Erlaubnis der zuständigen Behörde und die allgemeinen Voraussetzungen müssen für jede Apotheke erfüllt sein. Hauptapotheke und Filialen müssen im selben Kreis oder in derselben kreisfreien Stadt liegen oder in einander benachbarten Kreisen oder kreisfreien Städten (§ 2 Abs. 4 ApoG). Hauptapotheke und Filialen zusammen bezeichnet man als Filialverbund.
Wegen des Fremdbesitzverbots kann ein Filialverbund nur einem Apotheker oder einer Gesellschaft aus Apothekern gehören. Zulässig sind die rechtsfähige GbR und die OHG und jeder Gesellschafter braucht eine eigene Erlaubnis (§ 8 ApoG). Eine GmbH als Trägerin scheidet aus. Stille Beteiligungen sowie umsatz- oder gewinnabhängige Vergütungen für Darlehen sind ebenfalls unzulässig.
Welche Rolle hat der Verantwortliche Apotheker?
Die Hauptapotheke musst Du persönlich führen. Für jede Filiale benennst Du schriftlich oder elektronisch einen oder zwei Apotheker als Verantwortliche (§ 2 Abs. 5 ApoG). Sie haben die Pflichten eines Apothekenleiters. Die Benennung zeigst Du der Behörde mindestens zwei Wochen vor dem Amtsantritt an, bei einem unvorhergesehenen Wechsel unverzüglich.
Der Verantwortliche ist in der Regel Dein Angestellter. Sein Gehalt ist Personalaufwand des Verbunds und läuft über die normale Lohnabrechnung. Die Erlaubnis und die wirtschaftliche Verantwortung bleiben bei Dir als Inhaber. Gibt es zwei Verantwortliche für eine Filiale, musst Du ihre Zuständigkeiten klar abgrenzen und dokumentieren.
Wie wird der Filialverbund steuerlich behandelt?
Steuerlich ist der Filialverbund ein Unternehmen. Für die Umsatzsteuer umfasst Dein Unternehmen alle Apotheken (§ 2 Abs. 1 UStG), Du gibst also eine gemeinsame Umsatzsteuer-Voranmeldung ab. Warenlieferungen zwischen Haupt- und Filialapotheke sind nicht steuerbare Innenumsätze. Auch der Gewinn wird für den Verbund insgesamt ermittelt.
Bei der Gewerbesteuer bilden gleichartige Betriebe in einer Hand nach R 2.4 GewStR in der Regel einen einheitlichen Gewerbebetrieb, wenn sie wirtschaftlich, finanziell oder organisatorisch zusammenhängen. Bei Apotheken desselben Inhabers ist das nach überwiegender Auffassung der Normalfall, im Einzelfall solltest Du es aber prüfen. Liegen die Apotheken in verschiedenen Gemeinden, wird der Gewerbesteuermessbetrag zerlegt (§ 28 GewStG). Maßstab sind die Arbeitslöhne je Betriebsstätte, bei Einzelunternehmern kommt ein fiktiver Unternehmerlohn von EUR 25.000,00 hinzu (§ 29 Abs. 1 und § 31 Abs. 5 GewStG).
Wie organisierst Du die Buchhaltung je Filiale?
Rechtlich gibt es eine Buchführung für den ganzen Verbund. Für die Steuerung brauchst Du aber Zahlen je Apotheke. Bewährt hat sich eine Kostenstelle je Filiale, auf die Umsätze, Wareneinsatz, Personal und Miete gebucht werden. So siehst Du Rohertrag und Deckungsbeitrag jeder Apotheke in der BWA.
Jede Apotheke hat in der Praxis eine eigene Kasse und eigene Bestände im Warenwirtschaftssystem. Kassenberichte, Inventur und Rezeptabrechnung solltest Du je Filiale sauber trennen. Gemeinsame Kosten wie Verwaltung oder Steuerberatung verteilst Du nach einem festen, nachvollziehbaren Schlüssel.
Fiktives Beispiel: Apothekerin Lena M. betreibt ihre Hauptapotheke in Offenbach, eine Filiale ebenfalls in Offenbach und eine Filiale in Frankfurt am Main. Der Gewerbesteuermessbetrag des Verbunds beträgt EUR 12.000,00. Die Arbeitslöhne betragen in der Hauptapotheke EUR 475.000,00, dazu kommt der fiktive Unternehmerlohn von EUR 25.000,00, der hier der Hauptapotheke zugerechnet wird. In der Offenbacher Filiale fallen EUR 200.000,00 an, in der Frankfurter Filiale EUR 300.000,00. Auf Offenbach entfallen damit EUR 700.000,00 von EUR 1.000.000,00, also 70 % oder EUR 8.400,00 des Messbetrags, auf Frankfurt EUR 3.600,00, auf die jede Stadt ihren eigenen Hebesatz anwendet.
Typische Fehler und Risiken
- Filiale ohne rechtzeitige Anzeige des Verantwortlichen eröffnen. Die Benennung muss der Behörde mindestens zwei Wochen vor dem Amtsantritt angezeigt werden.
- Keine Kostenstellen je Filiale. Dann merkst Du oft zu spät, dass eine Apotheke dauerhaft Verluste macht.
- Zerlegung der Gewerbesteuer vergessen. Liegen Filialen in anderen Gemeinden, muss der Messbetrag nach Arbeitslöhnen aufgeteilt werden, sonst drohen spätere Korrekturen.
- Dritte am Gewinn beteiligen. Stille Beteiligungen sowie umsatz- oder gewinnabhängige Darlehen verstoßen gegen § 8 ApoG und gefährden den Verbund.
Häufige Fragen
Darf eine Filialapotheke in einem anderen Bundesland liegen?
Brauche ich für jede Filiale eine eigene Steuernummer?
Wie wird der Kaufpreis einer übernommenen Filiale behandelt?
Wann eine Beratung sinnvoll ist
Eine Beratung ist sinnvoll, wenn Du eine Filiale eröffnen oder übernehmen willst oder Dein Verbund über mehrere Gemeinden reicht. Gemeinsam klären wir die steuerliche Struktur, die Kostenstellen je Filiale und die Zerlegung der Gewerbesteuer.
Auch gesucht als: Filialverbund, Filialapotheken, Hauptapotheke, Apothekenverbund, Mehrbesitz Apotheke, Filialleiter Apotheke · Rechtsstand: Oktober 2026, letzte Aktualisierung: 10.10.2026. Allgemeine Information, ersetzt keine Beratung im Einzelfall.
Rechtsgrundlagen und Quellen
